Archivos diarios: enero 14, 2009

teoría de juegos

Hoy he asistido a la primera conferencia de este año del taller de matemáticas que organiza el departamento de Matemática, Estadística y Ciencias de la Computación de la Universidad de Cantabria. Se ha presentado el tema de la Teoría de Juegos y su relación con las Ciencias Sociales. El ponente ha sido Ignacio García Jurado, de la Universidad de Santiago de Compostela, un reconocido especialista en teoría de juegos desde la perspectiva de la Estadística y la Investigación de Operaciones.

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La inteligencia colectiva se pone al servicio de la ciencia a través de Internet

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INVESTIGACIÓN

La inteligencia colectiva se pone al servicio de la ciencia a través de Internet

La Universidad de Washington invita a los internautas a resolver rompecabezas para contribuir a comprender las proteínas y ayudar a salvar vidas – Sigue los pasos de Seti@Home y Rosetta@home

R. BOSCO / S. CALDANA 08/01/2009

Participar activamente en la lucha contra el cáncer, el sida y otras enfermedades graves, ya es posible sin salir de casa, sin tener conocimientos específicos y sin proporcionar contribuciones económicas. Tan sólo hay que convertir el propio ordenador en un nodo bioinformático doméstico. Dicho así parece complicado, pero en la realidad es un juego, gracias al proyecto Foldit, una iniciativa del Departamento de Bioquímica de la Universidad de Washington, en Seattle.

Foldit estudia cómo se autoensamblan las proteínas, una de las claves de la biofísica molecular moderna. “Actualmente la predicción de la estructura de las proteínas es una de las áreas más significativas de la bioinformática y la química teórica“, asegura David Baker, uno de los responsables del concepto y diseño de Foldit.

Su objetivo, predecir la estructura tridimensional de las proteínas (estructura terciaria), a partir de su secuencia de aminoácidos (estructura primaria), resulta de gran importancia en medicina (por ejemplo, en el diseño de fármacos o para comprender enfermedades como el Alzheimer) y biotecnología (por ejemplo, en el diseño de nuevas enzimas).

Para participar en los desafíos de Foldit tan sólo hay que registrarse e instalar en el propio ordenador un programa, que se descarga desde la web del proyecto. A partir de entonces se interviene en las pruebas, que son símiles a puzzles o a una especie de Tetris en 3D y tienen varios niveles de dificultad. La participación puede ser individual o colectiva: los que trabajan solos se denominan soloists y los que lo hacen en grupo, evolvers. “Los participantes juegan con las representaciones informáticas de proteínas reales y, sin necesidad de tener el mínimo conocimiento de biología molecular, su contribución puede ser determinante”, afirma Baker. La colaboración de los internautas alrededor del mundo es importante, porque a medida que la longitud de una cadena de proteína aumenta, el número de posibles formas en que se puede ensamblar también se multiplica exponencialmente.

Vídeos de la proteína

El proyecto incluye clasificaciones de los desafíos con sus puntuaciones y perfiles de los participantes. Cada vez que se consigue completar un puzzle, se genera un vídeo que relata cómo la proteína ha evolucionado hasta su estado final. “Estos vídeos serán especialmente útiles para la estrategia de los jugadores que quieren alcanzar la mayor puntuación”, asegura Zoran Popovic, otro integrante del equipo, que cuenta con más de 20 investigadores.

Foldit, que suma ya más de 50.000 participantes, ha sido recibido con entusiasmo en la comunidad científica.

El proyecto, que aprovecha el concepto de inteligencia compartida característico de las redes colaborativas online, tiene sus raíces en el programa Folding@home, concebido en 1999, por el profesor Vijay Pande de la Universidad de Stanford, que sigue funcionando a todo ritmo desde entonces. Como en el caso de SETI@home de la Universidad de Berkeley -con cuatro millones de colaboradores- Folding funciona utilizando los tiempos muertos del procesador de los ordenadores de los voluntarios, sólo que en vez de buscar vida extraterrestre, busca remedios para enfermedades, realizando cálculos de proteínas. Cuando termina el cálculo de una determinada proteína, el programa se pone en contacto con el servidor central para enviarle los resultados obtenidos y recibir otro encargo.

Para aumentar la implicación del colaborador remoto, el programa le permite conocer varios datos acerca del proyecto en que está ayudando, como el nombre de la proteína, el número de proteínas que ha calculado su ordenador y el estadio en qué se encuentra el trabajo.

Sin embargo, el precursor más directo de Foldit es Rosetta@home, un proyecto creado en 2005, por el mismo grupo de investigadores, que intenta comprender la estructura de las proteínas, así como la piedra homónima que permitió descifrar los jeroglíficos de los antiguos egipcios. Actualmente Rosetta@home cuenta con 200.000 colaboradores.

FOLDIT: http://fold.it

FOLDING@HOME: http://folding.stanford.edu

ROSETTA@HOME: http://boinc.bakerlab.org/rosetta

radio uned: violencia de género y autómatas programables

Hoy ha sido un día muy interesante en la programación de las emisiones de la Radio de la UNED. En primer lugar en la sección de Ponte al Día se ha tratado el tema de la violencia de género, sus causas y los resultados de las últimas investigaciones que se han llevado a cabo.

En la Revista de Informática se han dado unas pequeñas pinceladas de los PLCs o autómatas programables, desde sus orígenes históricos en los años 60 en EEUU pasando por su funcionamiento, sus aplicaciones y la forma de programarlos.

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